Chính Thống giáo là tôn giáo lớn nhất của nước Cộng hòa Bắc Macedonia chiếm 64,7% dân số, phần lớn trong số đó thuộc về Giáo hội Chính thống Macedonia. Nhiều giáo phái Kitô giáo khác chiếm 0,37% dân số. Người Hồi giáo chiếm 33,3% dân số; Macedonia có tỷ lệ người Hồi giáo cao thứ 5 ở châu Âu, sau khi Thổ Nhĩ Kỳ (96%), Kosovo (90%), Albania (56,7%), và Bosnia–Herzegovina (45%).[19] Phần lớn người Hồi giáo là người gốc Albania, Thổ Nhĩ Kỳ, hoặc người Rôma, mặc dù một số ít cũng là người Hồi giáo Macedonia. Còn lại 1,63% được ghi nhận là "tôn giáo không xác định" trong năm 2002 theo cuộc điều tra dân số quốc gia.[20]

Tổng cộng, đã có 1.842 nhà thờ Chính Thống giáo và 580 nhà thờ Hồi giáo vào cuối năm 2011. Các cộng đồng Chính Thống giáo và Hồi giáo đều có trường Đại học tôn giáo ở Skopje. Ngoài ra còn có một trường đại học thần học Chính Thống giáo ở thủ đô. Giáo hội Chính thống Macedonia có thẩm quyền đối với 10 giáo xứ (bảy trong nước và ba ở nước ngoài), có 10 Giám mục và khoảng 350 linh mục. Tổng cộng có 30.000 người được rửa tội trong tất cả các giáo xứ mỗi năm.

Có một sự căng thẳng giữa Giáo hội Chính Thống Macedonia và Giáo hội Chính Thống Serbia do tuyên bố Autocephaly năm 1967. Tuy nhiên, Tổng Giám mục Giáo hội Chính Thống Serbia, theo Quyết định số 06/1959, đã công nhận quyền tự chủ (không phụ thuộc) của Giáo hội mình đối với Giáo hội Chính Thống Macedonia. Sau khi các cuộc đàm phán thống nhất giữa hai giáo hội đã bị đình chỉ, Giáo hội Chính Thống Serbia đã công nhận Tổng Giám mục Jovan của Ohrid, một cựu Giám mục Giáo hội Chính Thống Macedonia, là Đức Tổng Giám mục Ohrid. Phản ứng của Giáo hội Chính Thống Macedonia là cắt đứt mọi quan hệ với địa hạt Ohrid của vị tổng Giám mục mới và để ngăn chặn các Giám mục của Giáo hội Chính Thống Serbia xâm nhập vào Macedonia. Giám mục Jovan đã bị tù 18 tháng cho tội "phỉ báng Giáo hội Chính thống Macedonia và làm tổn hại đến tình cảm tôn giáo của người dân địa phương" bằng cách phân phát lịch nhà thờ Chính thống Serbia và tờ rơi tuyên truyền cho Giáo hội Serbia.[21]

Công giáo La Mã có khoảng 11.000 tín đồ ở Macedonia. Giáo hội Công giáo Macedonia được thành lập vào năm 1918, và được tạo thành chủ yếu bởi người cải đạo từ Chính Thông giáo sang Công giáo và con cháu của họ. Giáo hội Công giáo Macedonia thực hành theo nghi lễ Byzantine và hiệp thông hoàn toàn với Giáo hội Công giáo Rôma và các Giáo hội Công giáo Đông phương khác.[22]

Có một cộng đồng Tin Lành nhỏ ở Macedonia. Tín đồ Tin Lành nổi tiếng nhất trong cả nước là cố Tổng thống Boris Trajkovski. Ông xuất thân từ cộng đồng Methodist, đó là nhà thờ Tin Lành lớn nhất và lâu đời nhất tại Cộng hòa Bắc Macedonia, có niên đại từ cuối thế kỷ XIX. Từ những năm 1980 cộng đồng Tin Lành đã phát triển, một phần thông qua niềm tin mới và một phần với sự giúp đỡ truyền giáo bên ngoài.

Cộng đồng Do Thái Macedonia, có khoảng 7.200 người trước cuộc chiến tranh thế giới II, đã bị giết chết gần như hoàn toàn: chỉ có 2% người Do Thái sống sót ở Macedonia.[23] Sau khi giải phóng họ và kết thúc chiến tranh, hầu hết người Do Thái Macedonia đã chọn di cư tới Israel. Hiện nay, con số cộng đồng Do Thái khoảng 200 người, tất cả hiện sống ở Skopje. Người Do Thái Macedonia hầu hết thuộc nhánh Sephardic - con cháu của những người tị nạn từ thế kỷ XV những người đã chạy trốn khỏi Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha trong cuộc thanh trừng người Do Thái giáo ở 2 nước này.